首先，事件相关设计可以随机混合呈现刺激，这意味着对单个事件的反应既不会与被试的认知状态相混淆，也不会受到以前事件的影响。因而，事件相关设计可以避免区块设计中出现的期望效应和习惯化效应。而对于认知实验而言，避免预期效应和习惯化效应是非常重要的。 其次，事件相关设计可以根据被试的正确率以及反应时等行为指标事后对事件进行分类。 再次，有些实验，比如“odd-ball”范式不能实现区块设计。但是利用事件相关设计可以实现“odd-ball”范式的相关研究。另外，基于事件相关的fMRI结果可以直接与其他的基于单个事件的神经科学方法所获得的结果直接进行比较。除此以外，事件相关设计还有许多其他方法学的优势。